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蛋白樣品制備詳解—雜質去除篇

更新時間:2021-09-10

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蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)(bai)樣品(pin)制備中,在細胞破碎之后(hou),既可以利用特定蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)(bai)質的(de)特性來分離某一(yi)(yi)類蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)(bai)質,比如親和純化,比如前(qian)面介紹的(de)磷酸化蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)(bai)富(fu)(fu)集(ji),或(huo)者膜蛋(dan)(dan)白(bai)(bai)(bai)富(fu)(fu)集(ji);另外一(yi)(yi)個(ge)考(kao)慮(lv)方向是去除雜質----去掉樣品中某些非目標高豐度蛋白或者雜質的干擾,同樣可以達到簡化樣本的目的。當然要小心“倒洗腳水的時候別把嬰兒也倒掉了",一定要選擇可靠的產品。

比如,潛在疾(ji)病(bing)標志物的(de)最(zui)(zui)好樣本(ben)來源就是血(xue)清(qing)(qing)或其他體液,此類樣本(ben)可以(yi)提供人蛋白質組(zu)中絕大(da)(da)部分組(zu)份。然而用蛋白質組(zu)分析(xi)方法鑒定疾(ji)病(bing)標志物最(zui)(zui)大(da)(da)的(de)挑戰來自(zi)于血(xue)清(qing)(qing)中大(da)(da)量(liang)的(de)高(gao)豐度蛋白對檢測的(de)干擾,血(xue)清(qing)(qing)中有大(da)(da)約55%的蛋白為白蛋白,而IgG大約占血清中蛋白總量的10-25%,這些高豐度蛋白的存在會增加低豐度蛋白檢測的難度,去除占血清總蛋白近75%的白蛋白和IgG將有助于更好地鑒定其他的蛋白。G-Biosciences的AlbuminOUT™白(bai)(bai)蛋白(bai)(bai)去除試劑盒堪稱白(bai)蛋白(bai)去(qu)除神(shen)器血漿和腦(nao)脊髓(sui)液等樣本(ben)中(zhong)(zhong),包含(han)大量的(de)白蛋白,從而封閉掉在二維凝膠電泳中(zhong)(zhong)發現和鑒定(ding)其他低豐度(du)蛋白的(de)可能(neng)。AlbuminOUT™白蛋白去除試劑盒被設計用來在這種樣本中大量去除白蛋白。

這種白蛋白去除(chu)方法是基(ji)于白蛋白和Cibachron藍色染料的結(jie)合(he)。AlbuminOUT™被優化從樣本中去除人的白蛋白。AlbuminOUT™使用快速離心柱方法,每個柱子含有0.2ml的染料結合樹脂,從而可以結合大于2mg的人白蛋白。AlbuminOUT™可以從5-50微升人血漿中去除大于98%的白蛋白。

離心(xin)柱形式可以在10分鐘內去除白蛋白。高結合力的藍色染料結合樹脂可以從人,豬,羊,狗,兔,大鼠和牛樣本中達到瞬間的結合和去除白蛋白。AlbuminOUT™或許也可以從其他物種中去除白蛋白。適用于處理25或50個樣本

圖片1.png


Figure 1:  2D  analysis  of  whole  human  serum  before  (left)  and  after (right) treatment with AlbminOUT.

產品特點:

l 從樣本(ben)中不(bu)到10分鐘的時間內去除白(bai)蛋白(bai)

l 基于白蛋白和Cibachron藍色染料的結合

l 每個(ge)柱子(zi)的結合力(li)大于2mg的人白(bai)蛋白(bai)

l 5-50微升(sheng)人血漿中去除大于98%的(de)白蛋(dan)白

去垢劑如(ru)SDS、Tween、Tritonde等是蛋白樣品處理過程中常用的組分。去(qu)污(wu)劑在蛋(dan)白提取(qu)和樣本制備過程中是(shi)很(hen)重要的物質,特別是(shi)研(yan)究疏水(shui)蛋(dan)白時。蛋(dan)白樣本中高濃(nong)度去(qu)污(wu)劑的存(cun)在能夠影響(xiang)ELISA,IEF和蛋白的蛋白酶消化,以及用質譜進行分析時抑制肽的離子化。

所謂請神容易送(song)神難(nan)。要除(chu)掉這些去垢劑?G-Biosciences推出的DetergentOUT™ GB-S10去(qu)污劑(ji)去(qu)除柱子和樹脂專門(men)設計用來除于蛋白或其他生物樣本中所(suo)含有(you)的去(qu)污(wu)劑,樹脂能夠(gou)從蛋白水溶液和肽樣本中(zhong)去(qu)除(chu)自由的(de),未結合的(de)陰離子的(de),非離子或兩(liang)性離子的(de)去(qu)污(wu)劑(e.g. SDS, Triton® X-100 CHAPS),同(tong)時對于下游(you)進行的(de)質譜或其他(ta)技(ji)術的(de)分析(xi)應用(yong)帶來最小的(de)樣本丟失。

DetergentOUT™ GB-S10柱子(zi)在(zai)第三方的研究使用中表明*兼容DI-QTOF LC-MS/MS(請見參考文(wen)獻)。DetergentOUT™ GB-S10柱子的使用顯著增加到了檢測到的肽光譜的數量。除此之外,DetergentOUT™ GB-S10柱子對于去污劑有高度的結合容量,比如每毫升固定的樹脂可以結合6mg SDS和14mg Triton® X-100

常見(jian)去污劑(ji)的(de)選擇:

圖片2.png

Table 1:  A comparison of the detergent removal rates and percentage protein recovery with DetergentOUTGBS10.

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